Como se sabe, para que una universidad pueda considerarse como tal, es necesario que se realicen en ella actividades de docencia, investigación y difusión de la cultura. Ello se dio a partir de que el doctor Santos Silva Cota encabezó la institución, por lo que se le considera el primer rector de la universidad. Al concluir su gestión, la universidad contaba con cerca de 2000 estudiantes, 253 profesores, cinco escuelas preparatorias, seis escuelas profesionales y tres institutos de investigaciones. Durante su gestión se eligió el lema oficial de la institución “Por la realización plena del hombre”.

Designado por la Junta de Gobierno, el 29 de junio 1966 tomó posición del cargo de rector el biólogo Pedro Mercado Sánchez. Una de las primeras medidas del rector Mercado Sánchez fue trasladar las oficinas de la Rectoría, del modesto local en que se encontraban en la calle B y que compartía con la Escuela de Ciencias Sociales y Políticas, a uno más amplio y funcional, ubicado en la avenida Álvaro Obregón, en la misma ciudad de Mexicali.

Por razones de orden personal el rector se vio obligado a solicitar un permiso para separarse del cargo, en junio de 1967, y en noviembre de ese mismo año renuncia al mismo.

Ante la separación del cargo, quedó en funciones de rector el licenciado Rafael Soto Gil, que se desempeñaba como secretario general y quien recibiría la designación formal como rector, por parte de la Junta de Gobierno, el 24 de septiembre de 1968. La gestión del licenciado Soto Gil, al igual que la de sus dos antecesores, se ubica en el marco general del desarrollo estabilizador, aunque la suya corresponde a la fase final, caracterizada por la presidencia de Gustavo Díaz Ordaz, representada por una actitud poco favorable para el sector universitario. De manera simultánea a las acciones que desarrolló el gobierno federal para contrarrestar -y con frecuencia reprimir- los movimientos estudiantiles de los años 60, se implementó un amplio proyecto para descentralizar la educación superior. A pesar de la efervescencia del entorno, la promulgación del acuerdo oficial que asignó a la UABC recursos económicos para el desempeño de sus funciones permitió a la Rectoría abocarse a impulsar su desarrollo con un adecuado sentido de planificación, para el que contó con el apoyo de la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES).

En el plano académico, derivado de las pautas establecidas en la Declaración de Villahermosa en 1971, se introdujeron una serie de reformas, entre ellas la adopción del sistema de cursos semestrales, en lugar de anuales, el establecimiento de salidas laterales para quienes se veían obligados a no terminar su licenciatura y nuevas opciones de titulación, además de diversificar la oferta educativa. Se inició la construcción de la Unidad Mexicali.

En noviembre de 1971 asume el cargo de rector el ingeniero Luis López Moctezuma. Durante ese periodo se aumentó el 100% del subsidio federal para la UABC, así como se destinó una partida adicional para la construcción de edificios. Al contar con más recursos económicos se ofertó un mayor número de carreras y se realizó una intensa actividad de construcción de instalaciones, de tal manera que para 1975 ya contaban con sus respectivos edificios todas las escuelas de la universidad.

El licenciado Rigoberto Cárdenas Valdés funge como rector de 1975 a 1979. Una de sus labores fue el impulso y reestructuración de Radio Universidad. Un evento especial que tuvo lugar en este periodo fue la entrega que en 1977 hizo a la institución el gobernador Milton Castellanos del ex Palacio de Gobierno, que se destinó a la sede de Rectoría. Ello dio especial relevancia a la universidad, por la importancia histórica e imagen del inmueble, así como por sus dimensiones y estilo.

El arquitecto Rubén Castro Bojórquez asumió la rectoría en agosto de 1979 y su gestión se caracterizó por una serie de medidas encaminadas a sistematizar y complementar la estructura administrativa de la universidad, así como a encuadrar en normas legales la institucionalización de la universidad.

Durante su gestión, gracias a la gestión eficaz de los sustanciales apoyos presupuestales otorgados a la universidad, se avanzó en un intensivo programa de construcción de infraestructura.

En la gestión rectoral de Castro Bojórquez se registraron importantes logros, entre ellos la implementación de una reforma administrativa que permitió mayor eficacia en el funcionamiento general, incluida la elevación del nivel académico. Se dio el rango de direcciones a los departamentos existentes y se crearon otras que ya se hacían necesarias. Se descentralizó el manejo administrativo mediante la creación de la Vicerrectoría Zona Costa. Todo ello se consolidó elaborando, con la aprobación del Consejo Universitario, un corpus normativo básico, el Estatuto general de la Universidad, complementado con el Estatuto General del Personal Académico, más una serie de reglamentos específicos.

El licenciado Héctor Manuel Gallego García asume el cargo de rector el 29 de agosto de 1983. A dos meses de asumir el cargo, la institución fue sede de la Asamblea General de la ANUIES iniciando su proyección nacional. A la par el contexto nacional de crisis económica condujo a la implementación de políticas de racionamiento presupuestal a la educación, que obligaron a la universidad a planificar su desarrollo en busca de apoyos de los gobiernos federal y estatal para seguir impulsando su crecimiento.

Durante la gestión de Gallego García se amplió la oferta educativa con nuevos programas a nivel de licenciatura, a los que se sumaron programas de maestría y especialidad.

El 28 de agosto de 1987 asumió el cargo de rector el licenciado Alfredo Buenrostro Ceballos. Una de sus principales acciones fue elaborar el Plan Institucional de Desarrollo 1987-1991, en el que uno de los ejes centrales fue la modernización educativa, considerada necesaria porque hacia allá apuntaban las tendencias generales.

Se tomaron medidas para incrementar el nivel académico de profesores e investigadores, mediante concursos para el otorgamiento de definitividad de las plazas, mejoramiento de los fondos bibliográficos y en especial de los sistemas computacionales. Además, se ofertó el primer doctorado en la institución.

El siguiente periodo rectoral, encabezado por el doctor Luis Lloréns Báez, se caracterizó por orientar las tareas universitarias de docencia e investigación, a fin de lograr vínculos más estrechos y operantes con el sector productivo, que era uno de los propósitos de la tendencia nacional a la modernización educativa, en la que estaba inmersa la UABC.

Otra de las políticas académicas fue la flexibilidad curricular que brindó a los alumnos la posibilidad de incorporarse en programas de distintas unidades académicas e inclusive de otras universidades.

Se registraron importantes avances en infraestructura, tanto de construcción de edificios, como una serie de ampliaciones y remodelaciones en los distintos campus. Al iniciarse el periodo del presidente Ernesto Zedillo, el doctor Lloréns Báez fue invitado a ocupar la Subsecretaría de Educación Superior e Investigación Científica de la Secretaría de Educación Pública, por lo que el 5 de diciembre de 1994 presentó su renuncia al cargo de rector.

Al recibir la renuncia antes mencionada, la Junta de Gobierno designó como nuevo rector al licenciado Luis Javier Garavito Elías, quien se desempeñaba como secretario general. El nombramiento se hizo con la agilidad que requería esa peculiar circunstancia, efectuándose la toma de posesión el 6 de diciembre de 1994.

El inicio de la gestión de Garavito Elías coincidió con la crisis económica nacional que, entre otros efectos, repercutió en la severa devaluación del peso mexicano. A ello, se sumó el adeudo en que incurrió el gobierno del estado, al retrasarse la entrega de los recursos correspondientes a la UABC. Dentro de este difícil escenario se formuló el Plan de Desarrollo Universitario 1995-1998.

Con recursos provenientes del pago del adeudo estatal se creó un fideicomiso, que permitiría realizar una serie de obras de infraestructura en los diversos campus, agregando recursos generados por otras fuentes.

Durante este periodo ocurrieron una serie de acontecimientos que pondrían de manifiesto el alto sentido de identidad existente en la comunidad universitaria, en torno a la adopción más generalizada del borrego cimarrón como símbolo identitario y la elección del canto universitario entonado por primera vez el 28 de febrero de 1997.

Cuando estaba finalizando la gestión del rector Luis Javier Garavito Elías, la Junta de Gobierno publicó en los distintos medios de comunicación de la entidad la convocatoria que dio inicio al proceso de sucesión rectoral, invitando a que se registraran como candidatos los miembros de la comunidad universitaria que aspiraran a ocupar el cargo.

Los finalistas expusieron sus respectivos proyectos de desarrollo académico e institucional. Posteriormente la Junta de Gobierno designó al contado público Víctor Everardo Beltrán Corona para que fungiera como rector en el periodo 1998-2002. A su cargo estuvo la elaboración del Plan de Desarrollo Institucional (PDI) 1999-2002.

Para la elaboración del PDI se solicitó la opinión tanto de la comunidad universitaria, como de diversos sectores de la sociedad bajacaliforniana. Con base en tales consultas se elaboró un documento que a la vez que propuso acciones inmediatas de planeación estratégica, propició una visión de mediano y largo plazo.

Durante la gestión de Beltrán Corona, se optó la enseñanza con un enfoque por competencias lo que implicó la reestructuración de los programas de estudio. La UABC fue pionera a nivel nacional en la adopción de ese enfoque. Se abrieron más posgrados y se incorporó el nivel de técnico superior universitario. La población escolar se incrementó 16.5%, siendo la UABC a nivel estatal la institución de enseñanza superior con mayor cobertura en la entidad, satisfaciendo más del 80% de la demanda.

Se realizaron más obras que constituyeron un significativo programa de construcciones que, en los cuatro años de la gestión rectoral, tuvo un promedio de 1.5 aulas por día. Se acreditaron 13 programas de estudio.

El 30 de noviembre de 2002 se designa al Dr. Alejandro Mungaray Lagarda como rector. Lo que define y caracteriza con mayor certeza esta gestión es la reforma universitaria que en sus líneas generales figuran los objetivos de privilegiar lo académico sobre lo administrativo, promover la acreditación de la calidad de los programas educativos, ampliar la cobertura en materia de población escolar, y actuar en un marco de transparencia. Se aprobó la reforma en 2003 al Estatuto General, lo que se tradujo en una transformación a fondo de la estructura administrativa de la universidad.

Dentro del énfasis administrativo de la reforma, uno de los cambios medulares fue el establecimiento de coordinaciones, que vinieron a sustituir las direcciones generales existentes. Una de sus primeras medidas fue la creación de las vicerrectorías Mexicali y Ensenada, junto a la ya existente en Tijuana, mismas que dieron una tónica de descentralización administrativa.

En este periodo la UABC figuró en la ceremonia de entrega de reconocimientos a las mejores universidades del país en 2004. En el tema académico se incrementó el número de programas acreditados, se abrieron mayores espacios a alumnos de nuevo ingreso y se diversificó la oferta educativa.

Respecto a la gestión de recursos financieros, la UABC formó parte de las universidades más beneficiadas por fondos extraordinarios cuyo financiamiento en el periodo 2002-2006 ascendió a 319.7 millones de pesos. Además, registró un elevado porcentaje de ingresos generales, correspondientes a recursos propios (27.80%) derivados de las acciones de vinculación realizadas. Por otra parte, en este periodo, también se fortalecieron los fondos de pensiones del personal académico y administrativo.

En el tema de la transparencia, se implementaron concursos de oposición para ocupar cargos administrativos o docentes y se llevó a cabo la reasignación de actividades del personal académico de carrera en función del tipo de nombramiento que tuviesen, lo que al interior de las unidades académicas se logró mayor equilibrio entre el personal académico de carrera y el de asignatura. Asimismo, en el 2003 se crearon la Fundación UABC A.C. y el Tribunal Universitario, mediante la reforma respectiva al Estatuto General.

Designado por la Junta de Gobierno, el Dr. Gabriel Estrella Valenzuela tomó posesión del cargo de rector el 6 de diciembre de 2006. Desde los inicios de la gestión se dieron pasos para incrementar la población escolar, se diversificó la oferta educativa tanto en licenciatura como en posgrado, se añadieron nuevas modalidades de aprendizaje, se conformó el sistema institucional de tutorías y se activó de manera significativa la movilidad estudiantil.

En cuestión de infraestructura, se levantaron una serie de construcciones con el propósito de satisfacer las necesidades derivadas del propio crecimiento de la institución. En el plano financiero, se registró un alto monto de los recursos provenientes de ingresos propios y se fortaleció la vinculación con el entorno.

El Dr. Felipe Cuamea Velázquez asume la rectoría el 27 de enero de 2010. Durante su gestión, una de las políticas con mayor peso fue la orientada a establecer vínculos estrechos con los diversos sectores de la sociedad, incluyendo aquellos de escasos recursos económicos. Uno de estos vínculos se fortaleció a través de la cultura, para lo cual se incrementó el presupuesto para el desarrollo de actividades culturales, y donde uno de los hechos más importantes fue la creación en 2011 de la Orquesta Sinfónica de la UABC.

Un rasgo que vino a caracterizar la gestión encabezada por el rector Cuamea, es que se ocupó de la revisión y actualización del modelo educativo de la institución, tomando como base el modelo del periodo rectoral 2002-2006.

En el plano académico, se incrementó la matrícula, se creó el Comité de equidad y se amplió la oferta educativa al abrir nuevos programas que se consideraron idóneos para satisfacer las necesidades sociales. De forma paralela se tomaron medidas para corroborar el incremento de la calidad de los programas, al someterlos a un sistema de evaluación al que no se había acudido anteriormente, el Examen General para el Egreso de Licenciatura (EGEL) del Ceneval.

Además, se hizo énfasis en buscar el reconocimiento de organismos internacionales respecto a los programas educativos de licenciatura, así como la acreditación de la administración y gestión de la universidad. El aseguramiento de la calidad en las licenciaturas y especialmente en los posgrados, se reflejó en otro indicador importante, correspondiente al número de académicos pertenecientes al Sistema Nacional de Investigadores (SNI) y de profesores e investigadores con perfil deseable en el Programa para el Desarrollo Profesional Docente (Prodep).

Durante esta gestión rectoral la UABC formuló su Reglamento para Transparencia y Acceso a la Información y en términos de infraestructura se llevó a cabo un importante programa de obras.

A partir del 2011 se implementó la transmisión en vivo, vía internet de las sesiones que realiza la Junta de Gobierno para la auscultación de los integrantes de las ternas que se proponen para la designación de directores de unidades académicas, práctica que se extendió a las sesiones del Consejo Universitario y en el próximo proceso de sucesión rectoral.

El 6 de diciembre se designó al Dr. Juan Manuel Ocegueda Hernández para desempeñar el cargo de rector, por el periodo 2015-2019.

Entre sus medidas iniciales figuró una serie de acciones prioritarias como el fomentar de manera especial la acreditación de programas educativos, establecer un Modelo de Responsabilidad Social Universitaria, atendiendo cuestiones de cuidado del ambiente y de equidad, así como crear la Secretaría de Transparencia.

Dentro del PDI, se planteó una visión para 2025. Durante este periodo se impulsó el aprendizaje en línea, se estabilizó el crecimiento de la población escolar debido a las reducciones a nivel nacional en la asignación de recursos públicos para la educación superior, se incrementaron los cuerpos académicos y el número de profesores investigadores en el SNI y con el perfil deseable Prodep.

El doctor Daniel Octavio Valdez Delgadillo tomó protesta el 27 de enero de 2019 como rector de la Universidad Autónoma de Baja California para el periodo 2019-2023. A su cargo estuvo la formulación del PDI 2019-2013 el cual descansó en un proceso participativo e incluyente, que permitió materializar las propuestas de estudiantes, egresados, académicos, personal administrativo, directores y funcionarios, así como las valoraciones de representantes de los sectores público, social y privado. El Plan de Desarrollo Institucional 2019-2023 se conforma por tres ejes transversales, doce políticas, 30 estrategias, 127 acciones y 348 indicadores que orientarán la actividad de los universitarios durante la actual gestión rectoral y apoyarán las tareas asociadas a los procesos de seguimiento y evaluación institucional.