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| Vicerrectoría del Campus Mexicali |
| Vicerrectoría del Campus Tijuana |
| Oficina del Abogado General |
| Oficina del Secretario de Rectoría y Comunicación Institucional |
| Oficina de Planeación y Desarrollo Institucional |
| Unidad de Transparencia y Accesso a la Información Pública |
| Coordinación General de Formación Profesional |
| Coordinación General de Extensión de la Cultura y Divulgación de la Ciencia |
| Coordinación General de Investigación y Posgrado |
| Coordinación General de Vinculación y Cooperación Académica |
| Coordinación General de Servicios Estudiantiles y Gestión Escolar |
| Coordinación General de Recursos Humanos |
| Coordinación General de Informática y Bibliotecas |
| Coordinación General de Servicios Administrativos |
| Coordinación de Proyectos de Gestión Ambiental |
| Centro de Investigación para el Aprendizaje Digital (CIAD) |
